Emiya Shirou, seorang pelajar biasa yang selamat dari bencana besar 10 tahun yang lalu. Setelah diselamatkan oleh ayah angkatnya, Emiya Kiritsugu, Shirou bercita-cita menjadi seseorang seperti ayahnya, yang bisa menyelamatkan siapa saja di saat mereka kesusahan. Sudah lewat beberapa tahun semenjak meninggalnya Kiritsugu, kini Shirou menjadi orang baik hati yang selalu membantu siapa saja yang meminta bantuannya. Pada suatu hari, Shirou yang pulang malam dari sekolahnya karena dia ‘diminta bantuan’ oleh temannya yang bernama Matou Shinji. Tetapi di tengah lapangan sekolah, dia melihat sesuatu yang menakjubkan, yaitu pertarungan antara kedua lelaki yang masing2 memakai baju berwarna merah dan biru. Pertarungan yang begitu menakjubkan karena dalam satu detik saja, kedua lelaki itu sudah bisa mengeluarkan puluhan serangan mematikan. Tetapi salah satu dari lelaki yang bertarung tersebut, berhenti bertarung dan mengejar Shirou, serta kemudian membunuhnya karena dia telah melihat pertarungan yang seharusnya tidak boleh dilihat orang biasa.